ศาสตราจารย์ ดร.ปริญญา จินดาประเสริฐ ได้รับรางวัลต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการวิจัยและพัฒนาสังคมในระดับประเทศ จำนวน 16 รางวัล ดังนี้ เหรียญทองการพัฒนาแหล่งน้ำดีเด่น กรมการปกครอง กระทรวงมหาดไทย พ.ศ. 2534, กลุ่มนักเทคโนโลยีดีเด่น ปี 2545 เรื่องการพัฒนาการใช้เถ้าลอยลิกไนต์ไทย จากมูลนิธิส่งเสริมวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีในพระบรมราชูถัมภ์, รางวัลข้าราชการดีเด่นศรีมอดินแดง รับพระราชทานจากสมเด็จพระเทพฯ พ.ศ. 2546, รางวัลผลงานวิจัยดีเด่น คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่นพ.ศ. 2547, 49, 51, 52, 53,54, รางวัลเหรียญทองศาสตราจารย์ วิทยา เพียรวิจิตร คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น พ.ศ. 2550, คนดีคู่สังคม รายการ “คนดีคู่สังคม” UBC พ.ศ. 2550, รางวัลอาจารย์ดีเด่นของ ปอมท. ประจำปี 2552 สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี[31], รางวัลนักวิจัยดีเด่นระดับเงิน ประจำปี 2553 สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยขอนแก่น, รางวัลนักวิจัยดีเด่นระดับทอง ประจำปี 2555 สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยขอนแก่น, รางวัล นักวิจัยที่มีผลงานด้านการวิจัยดีเลิศ พ.ศ. 2555 มหาวิทยาลัยขอนแก่น, รางวัลนักวิจัยดีเด่นระดับเพชร ประจำปี 2556 สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยขอนแก่น[32], รางวัลพระธาตุพนมทองคำ พ.ศ. 2556 มหาวิทยาลัยขอนแก่น[33][34], รางวัลนักวิจัยดีเด่นแห่งชาติ ประจำปี 2557 สาขาวิศวกรรมศาสตร์และอุตสาหกรรมวิจัย สภาวิจัยแห่งชาติ[35][36], รางวัลนักวิจัยดีเด่นสารสิน ประจำปี 2558 สาขาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยขอนแก่น[37], รางวัล Thomson Reuters Thailand Frontier Researcher Award[38][39] และ รางวัล Toray Foundation Thailand: Science and Technology Award ประจำปี 2558[40][41]